多くは膀胱に細菌が侵入してその菌が腎臓にまで逆流することが原因です。腎臓で作られる尿は通常は膀胱に逆流することなく流れていきます。排尿時に膀胱には高い圧力がかかりますが、膀胱には腎臓に尿が逆流していかないように弁があって、排尿時にも逆流しない仕組みになっています。ところが、膀胱炎を放置すると一時的にこの逆流防止弁が働くなって最近の混じった尿が腎臓に逆流してしまうことがあります。また、生まれつきこの逆流防止弁が働いていない人もいて、そのような人は膀胱炎を起こすたびに腎盂腎炎を起こしてしまいます。ほかに、腎臓や尿管に結石があったり、排尿に問題があって膀胱の中の圧力が異常に高くなっても腎盂腎炎を起こします。